Sau khi Keiki đầu hàng,[38] phần lớn người Nhật chấp thuận sự trị vì của Thiên hoàng, trừ một số phiên ở phía Bắc, ủng hộ gia tộc Aizu, tiếp tục kháng cự.[39] Vào tháng 5, vài lãnh chúa daimyō phía Bắc thành lập liên minh chống lại quân đội triều đình, Đồng minh liệt phiên Ōuetsu chủ yếu là quân đội của các phiên Sendai, Yonezawa, Aizu, Shonai và Nagaoka, với tổng quân số 50.000 lính.[40] Thân vương Kitashirakawa Yoshihisa chạy trốn về phía Bắc với sự ủng hộ của quân du kích Mạc phủ Tokugawa và được đặt lên ngôi minh chủ liên minh phía Bắc, với dự định lấy tước hiệu Thiên hoàng Tobu.

Hạm đội của Enomoto neo tại cảng Sendai ngày 26 tháng 8. Mặc dù Đồng minh liệt phiên Ōuetsu rất đông nhưng trang bị của họ rất kém, và dựa trên các chiến thuật truyền thống. Vũ khí hiện đại rất hiếm, trong nỗ lực cuối cùng họ chế tạo đại bác nòng gỗ gia cố bằng dây thép, có thể phóng ra đạn lửa. Những khẩu đại bác như thế, được lắp vào các công sự phòng thủ, chỉ có thể bắn được 4 đến 5 viên đạn trước khi vỡ tung.[41] Mặc khác, daimyō Nagaoka thu được 2 trong 3 khẩu súng máy ở Nhật Bản và 2.000 khẩu súng trường Pháp từ tay lái súng Đức Henry Schnell.

Tháng 5 năm 1868, daimyō Nagaoka giáng cho quân đội Hoàng gia một đòn choáng váng trong trận Hokuetsu, nhưng thành của ông cuối cùng vẫn bị hạ vào ngày 19 tháng 5. Quân đội Triều đình tiếp tục tiến về phía Bắc, đánh bại Shinsengumi trong trận đèo Bonari, mở ra cánh cửa tấn công và thành Aizu-Wakamatsu trong trận Aizu tháng 10 năm 1868, do vậy, khiến việc cố thủ Sendai trở nên bất khả thi.

Liên minh tan vỡ, ngày 12 tháng 10 năm 1868, hạm đội rời khỏi Sendai đến Hokkaidō, sau khi nhận thêm 2 tàu nữa (Oe và Hōō, trước đó được Sendai mượn từ Mạc phủ) và khoảng 1.000 quân; duy trì quân đội Mạc phủ dưới sự chỉ huy của Otori Keisuke, quân Shinsengumi của Hijikata Toshizo, đội du kích của Hitomi Katsutarō, cũng như vài cố vấn Pháp nữa (Fortant, Garde, Marlin, Bouffier).[37]

Ngày 26 tháng 10, Edo được đổi tên thành Tokyo (Đông Kinh), và thời kỳ Minh Trị chính thức bắt đầu. Aizu bị vây hãm từ đầu tháng, dẫn đến hàng loạt vụ tự sát của các samurai trẻ trong Bạch Hổ đội.[42] Sau trận đánh kéo dài một tháng, Aizu cuối cùng chấp nhận thất bại vào ngày 6 tháng 1.